โรงเรียนพระปริยัติธรรมวัดท่าตอน แผนกสามัญศึกษา ตั้งอยู่ที่วัดท่าตอน พระอารามหลวง เลขที่ 36 หมู่ 3 หมู่บ้านท่าตอน ตำบลท่าตอน อำเภอแม่อาย จังหวัดเชียงใหม่ ร้อยละ 95 ของประชากรมีเชื้อชาติไทย สัญชาติไทย นับถือศาสนาพุทธ ส่วนใหญ่ประกอบอาชีพเกษตรกรรม
เนื่องจากวัดท่าตอนพระอารามหลวง เป็นสำนักศาสนศึกษาที่เปิดทำการเรียนการสอนพระปริยัติธรรมแผนกธรรมบาลี ตั้งแต่ปีพุทธศักราช 2528 และเป็นสำนักศาสนศึกษาที่มีชื่อเสียงทางด้านการศึกษาพระปริยัติธรรมแผนกธรรมบาลี ในระดับประเทศ โดยแต่ละปีมีพระภิกษุสามเณรสอบไล่ได้ ในการสอบธรรม-บาลีสนามหลวงเป็นจำนวนมาก จึงทำให้มีพระภิกษุสามเณรจากในอำเภอแม่อาย อำเภอใกล้เคียง และจากจังหวัดต่าง ๆ ทั่วประเทศ มาพักจำพรรษาเพื่อศึกษาพระปริยัติธรรมแผนกธรรมบาลีเป็นจำนวนมาก
ต่อมาทางวัดท่าตอน พระอารามหลวง ได้ตระหนักถึงความเปลี่ยนแปลงของสังคมไทยในปัจจุบันที่มีการเปลี่ยนแปลงอย่างรวดเร็วทั้งทางด้านสังคม เศรษฐกิจ การเมือง และทางด้านเทคโนโลยีที่ทันสมัยต่าง ๆ ตลอดจนค่านิยมและวัฒนธรรมแบบตะวันตกที่หลั่งไหลเข้าสู่สังคมไทยอย่างไม่ขาดสาย จึงเห็นว่ามีความจำเป็นที่เยาวชนของไทยจะต้องรู้เท่าทันความเปลี่ยนแปลงต่าง ๆ การศึกษาพระปริยัติธรรมแผนกธรรมบาลีเพียงอย่างเดียวไม่เพียงพอที่จะทำให้บุคลากรที่สำเร็จการศึกษาจากสำนักเรียนไปแล้วจะสามารถนำความรู้ที่ได้ไปอบรมสั่งสอนประชาชนและเพื่อไปศึกษาต่อในระดับที่สูงขึ้นไป ตลอดจนการใช้ชีวิตอยู่ร่วมกับสังคมอย่างมีความสุขได้ จึงจำเป็นที่จะต้องจัดตั้งโรงเรียนการศึกษาพระปริยัติธรรมแผนกสามัญศึกษา ที่เป็นวิชาการทางโลก ควบคู่กับการศึกษาพระปริยัติธรรมแผนกธรรม-บาลีที่มีอยู่เดิมด้วย
ดังนั้นโรงเรียนพระปริยัติธรรมวัดท่าตอน แผนกสามัญศึกษา จึงได้ดำเนินการเปิดการเรียนการสอนตั้งแต่วันที่ 10 พฤษภาคม 2537 และได้รับใบแต่งตั้งเมื่อวันที่ 1 กันยายน 2537 มีพระครูวิมลกิตติสาร( ปัจจุบันได้รับพระราชทานสมณศักดิ์ ในพระราชทินนาม ที่ “พระเทพมังคลาจราย์” ) เจ้าอาวาสวัดท่าตอน พระอารามหลวง เจ้าคณะอำเภอแม่อาย เป็นผู้จัดการ มี พระมหาบุญเลิศ ธีรานนฺโท (ป.ธ. 7, MA) (ปัจจุบันได้รับพระราชทานสมณศักดิ์ พระราชทินนาม ที่ “พระราชปัญญาเวที” เป็นผู้บริหารโรงเรียน
ปัจจุบันโรงเรียนพระปริยัติธรรมวัดท่าตอน แผนกสามัญศึกษา เปิดทำการเรียนการสอนในระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 – 6 มีนักเรียน 139 รูป และมัธยมศึกษาตอนต้นมีนักเรียน 80 รูป มัธยมศึกษาตอนปลายมีนักเรียน 59 รูป ซึ่งเป็นพระภิกษุสามเณรที่จำพรรษาอยู่ในวัดท่าตอน พระอารามหลวง และพระภิกษุสามเณรที่จำพรรษาอยู่ในเขตอำเภอแม่อาย โดยได้จัดการเรียนการสอนตั้งแต่ระดับมัธยมศึกษาตอนต้น ถึงระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย ตามหลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2551 โดยมุ่งพัฒนากระบวนการเรียนการสอนตามแนวการปฏิรูปการศึกษาของกระทรวงศึกษาธิการและตามระเบียบของกองพุทธศาสนศึกษา สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ เพื่อให้ผู้เรียนมีจิตสำนึกในสมณสารูป ตามแนวทางของหลักพระธรรมวินัย โดยจัดการให้มีกิจกรรมเสริมหลักสูตรตามความถนัดและความสามารถของผู้เรียน ให้เหมาะสมกับสภาพของความเป็นสมณะเพศ ส่งเสริมการมีคุณธรรม จริยธรรม ในการดำรงชีวิตของตนได้อย่างมีความสุขในสังคมโลก และนำไปหลักธรรมไปเผยแพร่แก่พุทธศาสนิกชนทั่วไป